比较典型的微生物程序通常利用本生燃烧器或其他明火来消毒或减少交叉污染，但是，由于以下几个原因，不建议在生物安全柜内使用这种明火：

1、生物安全柜通过在机柜的工作区域上传递向下层流气流（以恒定速度单向行进的空气，没有湍流）来维持样品保护。热空气上升，因此任何明火都会使空气上升到层流下降，产生湍流并阻碍生物安全柜保护工作区域样品的能力。

2、如果明火变得太热，它还具有熔化粘合剂的能力，该粘合剂将HEPA过滤介质保持在其框架上。这会破坏HEPA过滤器的有效性，而导致正压通风系统中的安全壳损失。

3、如果火焰熄灭并且供气阀保持打开，则可燃气体将不受限制地引入机柜。在A2生物安全柜中，生物安全柜中70％的空气被再循环，可燃气体的浓度可能达到爆炸性潜力，对用户和实验室造成严重风险。

4、美国疾病控制和预防中心（CDC）和卫生研究院（NIH）也在出版物中阐述了这一点：在生物安全柜中工作时，可以采取一些措施来减少材料交叉污染的可能性；打开的管子或瓶子不垂直放置；将盖子保持在开放的无菌表面上方，减少向下空气的直接冲击等等，所以，在生物安全柜的近乎无微生物的环境中不需要明火。

如上面所述，如果需要火焰，小型电动“炉”同样可用于净化细菌环和针，并且优于生物安全柜内的明火，是更安全的替代品.

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