在运用多元液相色谱仪时的一种不良运用习气容易造成活动相刚开始没有长菌，在运用时却产生了细菌污染。

举一个例子：50％的甲醇水活动相，有两种运用方式。一种方式是在液相色谱仪上机前就配好混合在一同，另一种方式是在流路A放纯甲醇，流路B放纯水。后一种有明显的优点简单，而且不需求实验者另个计算配比混合，其次就是比例精确，能得到保存时间反复性的实验效果。

但是，后一种方式有一个致命的缺陷是纯水在活动相瓶中几天时间就会长细菌（很多状况下不只仅用纯水作活动相，而是用缓冲盐溶液，自身就是优质肥料，细菌长得更疾速），一旦有细菌柱子就坏得很快。

所以这种方式最好是每次实验都用新制备的纯水，并且在每次实验后把水相换掉，换成甲醇冲洗洁净。

但是由于液相色谱仪柱子的梗塞是不可逆的，所以，还是比较推荐第一种方式，宁可牺牲较小的保留时间重复性，也不要用纯水溶液作为流动相的一组。