连续流动分析仪经预处理的样品,若仍有颜色,会使测定结果偏高(若颜色与最后分光检测的样品颜色近似或相同,误差更大)。可采用空白校正消除干扰:即c=c1-c2,其中:c为待测物的浓度;c1为按照常规方法测得样品浓度;c2为实验用水代替显色剂,其余步骤同上测得其对应浓度(即样品的本底)。

若连续流动分析仪某些样品粘稠度较高,抽滤只能分离水样的悬浮颗粒物,进入自动控制的溶液若不满足澄清、透明,无疑会使待测物透光率降低、吸光度增加、分析结果偏高。以下两种消除方法任选一种:(1)用过滤代替抽滤、沉淀剂为Al(OH)3悬浊液或Zn(OH)2悬浊液;(2)将抽滤后的水样离心分离,取其上清液分析。
Cu、Pb、Cd等重金属均是连续流动分析仪常见的干扰因素。除电镀等富含金属离子的工业废水须加入特殊的螯合剂外,缓冲溶液中的掩蔽剂EDTA通常可消除大多数试样中金属离子的干扰。