对于高效液相色谱仪液体分离色谱系统发生故障，主要可以采取四种有效的故障处理方法和预防措施：
(1) 控制高效液相色谱仪色谱柱pH 值，允许的数值适用范围中合理设置控制色谱流动柱的pH 数值。
(2) 我们在分析多种色谱纯水性试剂与超纯水实验时，应该多次进行实验并对样品进行过滤，利用0.45μm 厚的滤膜过滤进行操作，高效液相色谱仪流动柱存在的问题会造成色谱柱温度升高，会造成样品色谱峰的波形变宽。

(3) 使用在线色谱过滤器或者是在线保护柱即预柱，由于使用后无法将白色固体粒状颗粒中的物质全部进行消除，且一旦将这些白色固体粒状颗粒物质带入样品到高效液相色谱仪色谱柱，就会直接导致柱效的下降，或导致柱效的电压发生明显的变化，并用分段法排查堵塞。
(4) 应该对高效液相色谱仪液相色谱仪色谱柱使用的溶剂要进行多次冲洗工作，每次在使用高效液相色谱仪之后，要利用高度过渡的盐流动再次冲洗整个色谱柱，再次使用具有缓冲性的盐冲洗，然后再次利用过度的盐流，最后使用硫酸甲醇等物质进行溶剂清洗，有效的保存液相色谱柱，其中反向冲洗色谱柱流量不能过大，否则会冲走色谱柱的填料从而造成柱效降低。