高效液相色谱是属于易学难用的仪器，特别讲究 “正确使用" 和经验。

液相工作者接触最多的是流动相，流动相是造成液相色谱各种问题的主要源头。

液相色谱仪最常见的故障一是堵，二是漏。下面就这两点分别展开讨论。（注：流动相以甲醇为例，色谱柱以C18为例）“堵"的表现现象就是柱压异常升高，直接原因就是流路不畅。

 高效液相色谱“堵"的原因之一：配制流动相时细菌污染。

堵塞的主要位置就是在色谱柱的前端，最主要原因就是流动相里有杂质，杂质的主要来源就是细菌。  

 首先我们要认识到，一般的国产甲醇其实不需要额外过滤处理，直接使用没有问题。即使是有些固态微粒杂质，也能在液相流路系统最前端的过滤头上排除，真正容易引起问题的，是水中的细菌。新制备的纯水在室内放置几天就会长菌，而这些细菌虽然肉眼不可见，却足以堵塞柱填料颗粒的空隙，造成柱子很快报废。

时间过久,滤头黏附细菌导致泵液不准

 高效液相色谱解决它的方法很简单，就是确保水的可靠性。这里有两种方式推荐：

（1）购买实验室专用纯水机，既方便又可靠，质量也放心。缺点就是价格不菲。

（2） 成箱购买市售品牌纯净水，如500ml 一支的怡宝或娃哈哈，这些水的质量足以应付液相色谱的要求。

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这里特别指出一个细节：在绝大多数书本上，凡谈到配制流动相都会谈到最后有一个过滤的步骤。

高效液相色谱从使用的实际情况来看有几点需要注意: 

（1）流动相过滤实际操作时由于不可能做到专瓶专用，容易造成的交叉污染，对于配比复杂的流动相影响更大。所以用完后一定要冲洗干净。用前不放心的话也可以冲洗下。

（2）流动相过滤经济成本比较高。买一套过滤装置要3000多元，且过滤器是比较容易损坏的设备。过滤片成本高，有些进口的一片就要几十元。按一般液相柱的正常使用寿命计算，过滤片的成本会远远高于色谱柱的成本。并且在使用过滤片时，有些会造成流动相的二次污染，原因在于不合格的过滤片。

（3）流动相过滤耗费时间长。使用溶剂过滤器有一个预清洗、装备、使用、用后清洗，晾干的过程，至少也有一个小时的时间。这个成本也不能忽视。